主要病害有：锈病、菌核病、列当。锈病从幼苗到成熟均能危害，防治办法一般选用抗病品种、轮作、增施钾肥或用２５％的萎锈灵２ ０００倍液进行茎叶处理。菌核病俗称烂大头，危害茎和花盘，可用“雷多霉”拌种或茎叶处理。列当是一种显花寄生植物，寄生在向日葵根部吸收汁液，天旱炎热危害最重，消灭列当的最好办法是田间及时铲锄。
1.向日葵菌核病
向日葵菌核病发生很广泛，发病较重，可造成向日葵茎折、花盘及种仁腐烂，对向日葵生产威胁很大，常见的有根腐型、茎腐型、叶腐型、花腐型4种类型，其中根腐型、花腐型受害重。花腐型病害表现为花盘受害后，盘背面出现水浸状病斑，后期变褐腐烂，长出白色菌丝，在瘦果和果座之间蔓延，形成黑色菌核，花盘腐烂后脱落，瘦果不能成熟。受害较轻的花盘，结出的种子粒小，无光泽、味苦、表皮脱落，多数种子不能发芽。
防治措施：结盘初期，可选用速克灵、菌核净、农利灵、纹枯利或多菌灵等药剂进行喷雾防治，重点保护花盘背面。由于后期向日葵植株高大，喷药操作比较难，也可以采取雨后到田间打杆降湿的办法。
2、向日葵褐斑病防治方法
⒈）轮作：与禾本科作物实行三年以上轮作。
⒉）加强栽培管理：适期早播、合理密植、及时中耕除草、增施肥料提高植株抗病力。田间积水时，要及时排出。早期发病的底部叶片，实行人工摘除，集中深埋减少再侵染菌源。
⒊）药剂防治：防治向日葵菌核病的药剂对本病均有效，用药量相同。为了一次施药兼治两种病害可对花盘和中下部叶片同时喷药，防治1-2次。
3、向日葵葵螟
向日葵螟成虫和幼虫都可危害，成虫发生盛期在7月下旬至8月上旬。成虫夜间8时～9时，集中在葵花地取食、产卵。8月上旬卵孵化为幼虫，取食种子，常把花盘咬成很多隧道，并吐丝结网；遇雨时常使花盘腐烂，降低向日葵的产量和品质。
防治措施：在向日葵盛花期、幼虫未蛀入籽实前，喷施敌百虫，防效在90%以上，但对蜜蜂有害，造成空壳多，所以要慎重使用，或5%抑太保（定虫隆）乳油，每公顷用0.375-0.45升，或35%赛丹（硫丹）乳油1.5-2.5升，对水300-450升，喷雾花盘。
也可选用生物药剂，如BT乳剂稀释喷施花盘。危害较重的地区，以防成虫为主，结合防治幼虫，在7月末8月初成虫盛发期用敌敌畏熏蒸或施放敌敌畏烟剂。
