球茎茴香的抗病性很强，新菜区很少发生病害，老菜区及保护地栽培，有时因管理不善而发生幼苗猝倒病和菌核病。
(1)猝倒病 病原为瓜果腐霉菌，属半知菌亚门真菌，主要为害幼苗嫩茎和根茎部，发病初期病部呈现水浸状，后期植株腐烂或猝倒，发病严重时会成片死亡。在温暖多湿的条件下的老菜园中较易发生。?
防治方法：苗期不使用大水漫灌，控制环境的湿度，初发现病株及时清除，并喷洒70%乙磷?锰锌可湿性粉剂500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂稀水500倍，或72%杜邦克露可湿性粉剂对水800倍，每7～10天喷洒一次，连喷2～3次。
(2)菌核病 病原为核盘菌，属子囊菌亚门真菌，主要为害叶柄和球茎，被侵染的植株呈凋萎状，病部褐色湿润或变软腐烂，表面缠绕丝状霉，为菌丝体，发病后期病部表面及球茎腔内产生大量黑褐色鼠类状菌核。病菌发育适温为20℃，菌核不耐干燥，菌丝能在干燥的土壤中存活3年，一般在天气冷凉潮湿、排水不良、通透性差、偏施氮肥的情况下容易发病。
防治方法：注意菜田轮作，种植前应对前作物及时清理、灭菌，定植时可用40%亚氯硝基苯粉剂0.4公斤拌25公斤细土施入土壤灭菌。对来源不清楚的种子最好用10%的盐水汰处理后再播种。栽培上注意调节田间适宜湿度，尤是低温期间不宜浇水过多，施肥上不要偏施氮肥，适当增施磷钾肥。如发现有发病的迹像，要即喷50%氯硝氨可湿性粉剂800倍，或菌核净40%可湿性粉剂500倍，或50%速克灵可湿性粉剂1500～2000倍。虫害主要有蚜虫和凤蝶幼虫，可用0.5%芦藜碱醇溶液800～1000倍喷洒消灭。
