杀菌剂使用技术的要求高于杀虫剂，所以掌握起来难度比较大。根据药剂对病害防治的作用划分，杀菌剂大体分三类
治疗性杀菌剂：也叫内吸性杀菌剂，这类杀菌剂被植物吸收传导后，可阻止植株各个部位的病菌发展。如多菌灵、托布津、春雷霉素等。不同类杀菌剂的使用方法不同。种苗阶段系统保护：包括药液浸种、药液闷种、药剂拌种、种衣剂、药液浸蘸秧苗等。常用的药剂有拌种双、福美双等。种苗包括种子、块根、块茎、鳞茎、插条、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。药剂处理土壤：属整体或局部保护，如直接在苗床土壤中施药品种有五氯硝基苯等。处理土壤可用浇灌法、翻混法等。叶面喷洒：叶面喷洒有多种剂型，如粉剂、微粉剂、可湿性粉剂、乳油、悬浮剂、水剂、烟雾剂等。
保护性杀菌剂：这类杀菌剂能够保护未被病菌侵染的施药部位免受病菌侵染，需要在作物没有接触到病或病害发生之前，喷药才可收到效果，如铜制剂(波尔多液)，硫制剂(石硫合剂)，代森锰等。
铲除性杀菌剂：这类药剂能直接杀死入侵前的病菌和治疗已被侵染的施药部位，常有消毒作用。如用福尔马林消毒带菌种子。
