在农药混用时应尽量避免不良的化学反应，不同的农药有不同的化学性能，因而了解各类农药可能发生的化学变化，对考虑农药的复配混用是很必要的。根据其对生物的作用，化学变化可分成有益和有害两种，提高药剂的防治效果，降低对温血动物的毒性，减轻药害或增加一些其它有益特性的化学变化就是有益的。但是这种情况是少数的，多数是降低药效，增加毒性和药害。化学变化各种农药都有一定的化学性质，在农药复配混用时，如果化学性质不同的农药复配混用时，有的会发生化学变化。
在有机硫类杀菌剂中，二硫代氨基甲酸衍生物如代森锌、福美锌、福美双等，虽然有一定的稳定性，但在强碱性条件下亦分解失效，不宜和碱性农药复配混用。
有机磷农药大多数具有酸性，在碱性条件下不稳定，容易分解生成无生物活性的物质，失去防治效果。如对硫磷、甲基对硫磷、杀螟松、马拉硫磷、乐果等杀虫剂及稻瘟净、异稻瘟净等杀菌剂，都不能和碱性农药复配混用。
含三氯甲硫基本的杀菌剂克菌丹和灭菌丹，虽然强碱性也能使其发生复杂的化学变化，但通常是比较稳定的。因此它们的复配混用范围比较广，尤其含克菌丹的混剂数量较大。
与此相反，八甲磷在碱性介质中稳定，在酸性介质中反而容易分解。氨基甲酸酯类农药和有机磷农药一样，遇碱容易分解失效，不宜和碱性农药复配混用。
