分清真菌病害、细菌病害和病毒病这三种病害，对于防治，特别是药剂防治来说是十分重要的。不同农药防治不同病害，能杀真菌的药剂未必能防病毒，能治病毒的又管不了细菌。
首先是看症状类型。通常我们把生病植物变化分成5大类型，就是腐烂、坏死、变色、萎蔫、畸形。由于真菌的种类很多，不同真菌能够造以上5类病状，其中最常见的是坏死和腐烂，如玉米大小斑病、小麦叶枯病、大白菜黑斑病等各种形状的叶斑病，坏死发生在根部或茎杆上就形成枯萎病、根腐病；细菌通常破坏细胞壁，让细胞内的物质外渗或阻塞水和营养物质在植物体内运输，所以主要造成腐烂、萎蔫症状；而病毒侵入植物一般不会立刻杀死植物，主要是改变植物生长发育过程，引起植株颜色或形状的改变，我们叫它变色和畸形。
由于能够使庄稼生病的真菌是一些丝状体，细菌是单细胞，病毒是没有细胞结构的分子生物，他们的新陈代谢方式以及脾气秉性也有很大区别，对症的药剂也就不同了。我们遇到不少朋友反映防治无效，细一询问，经常是由于没有分清是什么病就乱打药。番茄上发生了细菌性叶斑病，却错误地喷洒杀真菌的多菌灵和甲基托布津，这样打再多的药剂也没效果。
同样是叶斑病，如何区分呢？ 由于细菌破坏植物的细胞壁、细胞膜，使细胞内物质渗到细胞间，这样就变得透明，所以细菌病害的病斑很像水浸或油浸状，边缘有点透明。湿润条件下，能够在发病部位看到亮黄色小珠子，是细菌的菌脓。真菌病害会长一些霉层或小黑粒，病毒病斑的表面什么东西都不长。由于传播方式的差异，他们在田间的分布也会不同。细菌和水关系密切，细菌病害的分布常与流水、淹水、雨滴飞溅有关；病毒病害常和传毒昆虫的活动有关。观察病害田间分布情况，也可以间接推测病害种类。
真菌和细菌都可以造成腐烂病，怎样区分它们呢？细菌造成的腐烂往往出水很多，烂成一滩泥，而真菌造成的腐烂有的较干有的湿润，上面常常长出各种颜色的霉层或小黑点、小黑粒。另一个区别是细菌造成的腐烂发出臭味，真菌病害没有臭味，有衣物发霉甚或发酵的香味。
