耐药性（Resistanceto Drug ）又称抗药性，系指微生物、寄生虫以及肿瘤细胞对于化疗药物作用的耐受性，耐药性一旦产生，药物的化疗作用就明显下降。因此，用咪鲜胺治水稻恶苗病要防产生耐药性。
水稻恶苗病是水稻上的重要病害，以多菌灵为代表的苯骈咪唑类药曾是防治该病的主要药剂，随着恶苗病病菌对多菌灵产生耐药性，单一使用该药防效下降。咪鲜胺是咪唑类杀菌剂，近年来用于防治水稻恶苗病取得了较好防效，但目前局部地区也出现防效下降的现象。
对此，中国农业大学农学与生物技术学院与农业部农药检定所的科研人员采用菌丝生长速率和显微镜观察法，研究了咪鲜胺对水稻恶苗病病菌敏感菌株及抗性突变体菌株生长发育和菌丝生长形态的影响。结果显示：0.5毫克/升咪鲜胺溶液处理能完全抑制敏感菌株的菌丝生长，不能抑制不同抗性水平抗性菌株的菌丝生长；20毫克/升咪鲜胺溶液处理，可以完全抑制亲本敏感菌株的孢子萌发，对不同抗性突变体孢子萌发和芽管伸长的抑制率分别为84.1%～89%、58.5%～65.8%，表明抗性突变体菌株在菌丝生长、孢子萌发、芽管伸长等阶段对药剂的敏感性与亲本敏感菌株相比都有不同程度的降低。用10毫克/升咪鲜胺溶液处理菌丝12小时后，亲本敏感菌株菌丝顶端膨大畸形，抗性突变体的菌丝顶端膨大，但在菌丝上长有许多细小分枝，表明药剂对抗性突变体次生菌丝的抑制作用不明显。
以上试验结果表明，水稻恶苗病菌对咪鲜胺具有潜在的耐药性风险，建议生产上将该药与二硫氰基甲烷、三氯异氰尿酸等作用机制不同的药轮换使用，以延缓或避免耐药性产生。
