韭菜花虽然含有挥发性硫化丙烯并具辛辣味，但也有病虫害。近几年发现的病害主要有灰霉病、疫病、锈病等。
1、灰霉病：最近发现韭菜“枯尾”和“烂菜”，原因主要是由灰霉病引起。韭菜灰霉病主要为害叶片，分白点型、干尖型和湿腐型。白点型和干尖型初在叶片的正面或背面产生白色或浅灰褐色小斑点，由叶尖向下发展，病斑梭型或椭圆形，可互相愈合成斑块，致使半叶或全叶枯焦。干尖型由割茬刀口和截断处向下腐烂，初呈水渍状，后变淡绿色，有褐色轮纹，病斑扩散后多呈半圆形或“v”字形延伸，为黄褐色，表面生灰褐色或灰绿色绒毛状霉，常发生在湿度大时，伴有霉味。广东地区秋冬季韭菜正遇干燥天气，常发生“干尖”，而阴雨天则易出现湿腐型“烂菜”，韭菜贮运中湿腐型造成完全湿软腐烂。
该病病原菌是葱鳞葡萄孢菌，主要靠无性孢子，即病叶上的灰霉粉随气流和雨水传播，夏季会产生菌核落土越夏，秋、冬、春季气温15-30℃都适合其生长蔓延，15-21℃很适合病害流行。每次收获韭菜后或时间长了都会使病菌洒落于土表，致新生叶染病，用薄膜覆盖种植时温湿度条件都很适合该病发生。防治方法主要有：
(1)选用抗病品种韭菜收割后及时清洁田园，清除病残体，并选用60%多霉安可湿性粉剂或50%农利灵可湿性粉剂1000倍，或40%可湿性粉剂灰霉速克700倍液喷茬头和畦面防病。
(2)冬季用薄膜覆盖种植时要适时通风降湿，这是防治该病的关键。通风量要根据韭菜长势确定，严防扫地风。
(3)喷药防治发病初期即选用杀菌剂75%达霜宁粉剂、60%多霉安、50%速克灵、40%灰霉速克、65%抑霉泰、40%卡苯得、70%艾菌托、普菌克、75%百菌清、50%施保功、72%克抗灵、32%克菌乳油、多霉清、30%角霜灵、霉必清、25%灰克灵、万霉灵1-5号、50%灭霉灵、速霉克、百霉清、灰霉必清等药交替轮换使用，隔5-7天喷药一次，严重时连喷3-4次可控制此病。
2、枯萎病：主要发生在夏季高温时期，在降雨后暴晴时最容易发生，初发病多在叶片中部或接触地面的叶尖上。出现被开水烫过的样子，严重时所有叶片都像烫伤，继而完全枯死。发生枯萎病不但影响品质，严重时会失收。
枯萎病的发生是受病原菌的侵染所致。在高温的条件下最易发病，特别是地势低洼，排水不良，阴雨连绵一旦暴晴，温度骤然上升，就会很快发病。另外与韭菜本身的长势强弱也有关系，随着年龄过老，或收割过早，收割次数过多，或培土过高，都易发生枯萎病。
防治方法：露地养根期间，适当控制水分，避免徒长，注意排水。发病初期可选用2%枯萎立克、75%百菌清、50%速克灵、50%扑海因、70%多菌灵加70%甲基托布津、50%施保功、32%克菌乳油、30%dt、15%多多悬浮剂、菜农乐1号或2号、绿乳铜、lk-克菌灵、30%枯萎灵、40%根腐宁、20%病毒克星、50%敌克松、新而浦、百可宁、斯美克等药交替轮换使，喷雾或灌根，隔5-7天用药1次，严重时连续用药3-6次。可防治该病。
3、疫病：韭菜假茎、鳞茎受害最重，病叶多从下部开始，初为暗绿色水渍状病斑，扩展到叶的一半时，全叶变黄、下垂、软腐。湿度大时病部产生稀疏霉状物，假茎受害时呈水渍状病斑，浅褐色，软腐，叶鞘容易剥下。鳞茎受害时茎盘部呈水渍状病斑，浅褐至褐色，腐烂。很少发新根，长势明显减弱。
防治方法：及时排涝，避免积水。发病初期可选用40%乙磷铝、50%瑞毒霉、25%甲霜灵、58%瑞毒猛锌、64%杀毒矾、75%代森锰锌、72.7%普力克、72%克抗灵、32%克菌乳油、疫特灵、40%增效瑞毒霉、15%多多悬浮剂、甲霜灵锰锌、70%甲基托布津、64%恶霜灵锰锌、53.8%可杀得、58%金双福一锰锌、72%霜露速净、霜尽、卡霉通、炭疫灵等药交替轮换使用，隔5-7天喷药1次，严重时连续用药3-5次。
4、锈病：韭菜锈病主要侵染叶片和花梗，最初在表皮上产生黄色小点，逐渐发展成为纺锤或椭圆形隆起的橙黄色或粉红色小疱斑，病斑周围常有黄色晕环。疱斑扩展较大，直至表皮破裂后，散出橙黄或带粉红的粉末状物，叶片两面均可染病起斑，该病最大特点是发展快，来势猛，病情严重时疱斑布满叶片和花梗。
韭菜锈病的病原为葱柄锈菌，寄生性较强，周年以夏孢子转移侵染。在广东地区一般秋、冬、夏季，天气温暖、湿度高时，尤其毛毛雨或露多雾大天气时较易流行。如果品种抗病性差，偏施氮肥过多，种植过密和磷、钾肥不足时发病更重，施用草木灰和微量元素叶面肥也有助于提高其抗病性。
防治方法：浇水不能过湿，雨后注意田间排水，采取合理配方施肥，注意增加磷钾肥施用。韭苗生长期要使用多微磷酸二氢钾或硫酸钾作叶面喷施，以提高植株抗病能力。发病初期要及时喷药防治，不能拖延，药剂可选用40%菌扑脱、12.5%斑粉脱、腈菌唑乳油、20%三唑铜、25%敌力脱、25%锈病白粉净、50%卡苯得、50%速克灵、50%扑海因、70%多菌灵加70%甲基托布津、75%代森锰锌、72%克抗灵、粉锈灵、烯唑醇、特谱唑、40%或50%复方多菌灵胶悬剂、菌毒清、40%禾枯灵、53.8%可杀得加75%甲基托布津、25%粉尽、世高加50%多菌灵等药交替轮换使用，隔5-7天喷雾1次，严重时边喷3-6次以上，可控制此病。
