近年来，随着菌种的优选和制剂的改进，微生物农药的效果越来越好，稳定性越来越强，人们逐渐意识到微生物农药的好处。尤其是在重构生态平衡，预防病害发生方面，活体微生物农药具有极大的优势。
目前，在病害预防方面效果较好的菌种主要有哈茨木霉菌、枯草芽孢杆菌、多粘芽孢杆菌等，在防治根部病害和部分叶部病害上效果突出，具有用量少、持效期长等优势。在防治粉虱、蓟马、螨虫、蚜虫等小型害虫方面，微生物农药同样具有不可替代的巨大优势，常用的菌种有球孢白僵菌、金龟子绿僵菌、拟青霉、虫霉等。
活体微生物农药要发挥作用，首先要确保微生物存活并大量繁殖。因此，要想充分发挥微生物农药效果，要注意以下三点：一是提前使用。要让活体微生物农药预防效果突出，必须提前使用，确保有益菌占据主导地位，才可抑制病原菌侵染增殖，减少化学农药使用。二是注意使用时间。应选择弱光、高湿条件时使用，最好在傍晚、阴天等时候，有利于促进微生物存活繁殖。三是注意使用方法。微生物农药使用方法多样，可以灌根或冲施预防根部病害，也可以喷洒、涂抹预防茎叶部病害。使用时，应注意将生物菌用到叶背面等阳光较弱的地方，利于微生物存活繁殖。
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