黑木耳是我国传统的出口商品，目前已经实现规模化、袋料化栽培。但由于粗放的栽培方式、缺乏科学、配套的防治病虫害的措施，使得病虫害种类日趋增加，蔓延加快，危害增大，已成为黑木耳高产、稳产的重要限制因素;所以，有效地控制黑木耳病、虫及杂菌的危害是实现黑木耳高产、稳产、优质的重要一环。
食用菌病、虫及杂菌的防治一定要贯彻“预防为主、综合防治”的方针。要特别强调环境卫生和改进栽培技术措施的作用，选择生长势好、抗逆性强的品种，控制病、虫及杂菌的发生。如果确需化学药剂作辅助治疗，则要选用高效、低毒、低残留的药剂，并做到适时、适量，合理使用。
1绿霉病
症状：初期在培养料、椴木接种孔或子实体上长有白色、纤细的菌丝，几天之后便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟，菌落变为绿色、粉状、无固定形状。包括绿色木霉菌、康氏木霉菌、木素木霉菌。绿色木霉菌广泛存在于自然界的各种有机物质上和土壤中，空气中也漂浮着绿色木霉菌的分生孢子。袋料栽培黑木耳，各种机会都有可能将孢子带入木屑、麸皮、玉米芯等培养料中，并在生长势弱的子实体上形成菌落，采耳后的耳根很容易受绿霉菌的感染。该菌适于高温、高湿和培养料偏酸性的条件下生长，主要靠分生孢子借空气传播。防治措施：①保持周围环境的清洁卫生;②耳房、耳场通风良好，排水便利;③出耳后每3天喷1次1%石灰水;④使用新鲜的培养料，严格把好灭菌关;⑤防止棉塞受潮、菌袋破损，接种要进行无菌操作;⑥若发现袋料栽培黑木耳开口处有绿霉污染，可用石灰乳膏或甲醛液涂抹;⑦若绿霉菌发生在培养料的表面、尚未深入料内时，可用ph为10的石灰水擦洗，也可用菇农乐、甲醛等注射，然后用透明胶布封住，可控制绿霉菌的生长。青霉、毛霉、链孢霉等防治方法同上。
2烂耳
又名流耳。黑木耳的烂耳是细胞充水破裂的一种生理障碍现象。症状：耳片成熟后耳片变软，耳片甚至耳根自溶腐烂。耳片成熟如果不及时采收，遇高温、高湿、光照差、通风不良，常造成大面积烂耳。遭受细菌和害虫的破坏也是造成烂耳的原因。袋料栽培黑木耳，培养料过湿、酸碱度过高或过低，都会因影响黑木耳正常生长而造成烂耳。防治措施：①加强栽培管理，注意通风换气、光照等;②及时采收，耳片接近成熟或已经成熟立即采收;③用木刀刮除烂耳，用1%～3%生石灰水洗刷;④大面积发生烂耳时可用0.5%菇病灵药液喷施防治;⑤合理安排出耳期，避开高温、高湿季节。
3褐轮轫革菌
俗名金边蛾。症状：初期该菌子实体革质，平伏于耳木表面，后期边缘反卷，往往相互连接成覆瓦状，基部突起，边缘完整，菌盖表面有绒毛，里褐色，边缘浅灰褐色。有数圈同心环沟，外圈绒毛较长，成熟后逐渐变得光滑并褪至淡色。该菌是黑木耳椴木上普遍发生的有害菌，严重时可使木耳绝收。该病与菌丝生长时多雨及椴木含有较多水分有关，子实体的形成与阳光直射在椴木上有极显著的关系。防治措施：降低空气湿度和椴木含水量，防止光线直射在椴木上。
4牛皮箍
症状：常见的耳木上有黑、白两种，黑的呈粟褐色，白的为笋片色。牛皮箍的发生特点是紧紧贴生于耳木上，状似贴膏药，边缘不翘起，以此可与金边蛾杂菌区别。牛皮箍是一种较为严重的危害木耳的杂菌，阴湿、连雨天气下容易发生，严重时贴满耳木，引起木耳木粉状腐朽，被害耳木不长耳芽，为椴木栽培黑木耳中的一种毁灭性病害。防治措施：耳木避免阳光直射，耳堆注意通风换气，加强管理，做到勤翻杆、勤洒水、勤除草，剔除荫蔽过大的树枝、灌木，雨后要特别注意清沟排渍，严防耳场积水。及时用小刀把菌体及附近被腐蚀的木质刮除，刮削的伤口可用3%～5%来苏儿液涂刷，抑制杂菌蔓延。感染严重的要及时剔除，送到耳场外焚烧或掩埋。
5黑光伪步甲
俗名黑壳子虫或鱼儿虫，是椴木栽培黑木耳的主要害虫之一。成虫黑色，有光泽，长椭圆形;卵乳白色，长椭圆形，表面光滑;幼虫老熟体壁坚硬，棕褐色;蛹为裸蛹，浅黄色。防治方法：冬、春季彻底清除耳场内的残株及附近的砖、石、瓦块、枯枝落叶或烂草等，集中处理或烧掉。3～4月，在越冬成虫活动期间，用200倍液的敌敌畏喷洒地面。当年接种的耳杆，最好排在阳坡上，耳杆两端垫小枕木，以利阳光照射和空气流通，抑制黑光伪步甲的发生。在采耳翻杆时，发现有虫，要及时捕捉杀死。
