夏季高温多雨，天鹰椒在这样的环境中生长极易发生病虫害，主要病害有：病毒病、疫霉根腐病、炭疽病、软腐病等病害。虫害有：红蜘蛛、甜菜夜蛾和棉铃虫等。这些病虫害是制约天鹰椒丰产的一大障碍。
1、病毒病。表现为植株矮化、叶片深绿、皱缩、蕨叶状，或呈叶脉失绿变黄的花叶;果实有凹陷褐色条斑。早期要及时防治蚜虫，可用10％吡虫啉1500倍喷雾。发现病情可用20％病毒A可湿性粉剂400倍或1.5％植病灵乳剂500倍喷雾。
2、疫病：叶片感病时产生绿色圆形病斑，边缘不明显，湿度大时病斑迅速扩展，造成叶片软腐。茎、枝条感病，出现环绕表皮扩展的褐色条斑，病部以上枝叶很快枯萎死亡。茎基部常造成褐色软腐，有时覆一层白色霜层。果实感病，多从蒂部开始，形成暗绿色水渍状、不规则形病斑，很快扩展到全果，有的果肉和种子也随之变色，湿度大时果面长出稀疏的白色絮状霉层。防治用75%百菌清可湿性粉剂600倍、64％杀毒矾可湿性粉剂400倍、72％克露800倍、70％代森锰锌400倍等喷雾
2、炭疽病。果实表面初生水浸状黄褐色病斑，扩大成长圆形或不规则形，凹陷，有稍隆起的同心轮纹，病斑边缘红褐色。在发病初期喷施好力克3000倍液，75％百菌清600倍、70％甲基托布津400倍、80%炭疽福美600－800倍等喷雾。每隔7-10天喷1次，连续2-3次。
3、疮痂病。又称细菌性斑点病。叶上初呈水浸状黄绿色小斑点后为不规则形，边缘隆起暗褐色。叶缘、叶尖变黄、干枯脱落。果上病斑初起小黑点后变为圆形或长圆形黑色的疮痂状病斑，病斑边缘有裂口。发病初期可用万家500倍液、72％农用链霉素或新植霉素3000－4000倍喷雾。
4、软腐病。主要危害果实。初在果实上产生水浸状暗绿色病斑，逐渐变褐色，随后果实腐烂发臭。 防治时可用万家500倍液，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次，重点喷果实脐部。
5、棉铃虫、甜菜夜蛾、菜青虫：百株虫量达10头及时防治。52.25％农地乐1000倍、高效氯氰菊酯与辛硫磷1：1混配1000倍，进行喷雾。
