农药杀菌剂主要用于防治植物病害。按作用方式又可分为：
①保护剂：农药杀菌剂在病原菌侵染之前喷施在植物体表面，起保护作用，即使病菌再来也侵染不了植物。如波尔多液、福美类和代森类及有机硫杀菌剂等。
②治疗剂：农药杀菌剂在病原菌侵染植株以后施用，可以抑制病菌生长发育甚至致死，可以缓解植株受害程度甚至恢复健康。有经典治疗作用的农药杀菌剂是内吸剂，如多菌灵、三环唑、丙环唑、井冈霉素等均具有很强的内吸治疗作用。而甲霜灵和三乙膦酸铝这样的内吸杀菌剂具有向顶性与向基基双向内吸传导作用。发挥治疗作用特别优越。
③铲除剂：农药杀菌剂直接接触植物病原并杀 伤病菌使它们不能侵染植株。铲除剂因作用强烈，有的不能用在生长期的植株；石硫合剂药液浓度高时具有铲除作用，如在桃树萌芽前施药，可杀死枝干上的桃缩叶病菌。
施药时间一长，病虫易产生抗药性。所谓病虫抗药性，指病虫的一个品系在有药剂的环境下，形成耐受农药常用的剂量，而这个农药剂量对正常种群中大多数敏感个体仍然有效，那就说明该个体有了抗药性。对农药杀菌剂而言，病菌对保护性杀菌剂(如硫磺、福美系列、代森锰锌、波尔多液等)不易产生抗药性，而对内吸性杀菌剂（如多菌灵、甲托、三唑酮、甲霜灵、丙环唑、抗菌素等）很容易产生抗药性。这是因为保护性杀菌剂对病菌的生命活动的抑制是多位点作用，一种病菌不可能在全部位点引起突变。而内吸性杀菌剂对病菌的作用点是单一的，药剂只针对病菌的单一代谢环节，病菌很容易在此作用点发生突变。
