这篇文章主要介绍了Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件,通过本例主要学习遍历目录下文件的方法,需要的朋友可以参考下
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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015 @author: chaofn """ import os """ 这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件（一共有215个文件） 批处理 将pdb文件生成dssp文件 """ #listdir返回文件名的列表 fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb') #遍历整个列表 for i in range(len(fileLine)-1): #将字符串用变量表示 input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i] #先去掉文件名的后缀，然后形成后缀为dssp的文件名 out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp' output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file #注意：参数的传递（先是%s，然后是%变量名），多个变量的传入要用元组表示，在元组前用% os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))
